而有关“包干制+负面清单”的试点探索始于两年前。
为将科研人员从繁琐财务事务“置换”出来，“轻装上阵”投身科研，2021年10月，北京市科委、中关村管委会和市财政局联合发布《关于在北京市自然科学基金项目中试点项目经费使用“包干制+负面清单”的通知》，随通知印发《北京市自然科学基金项目经费使用“包干制+负面清单”管理办法（试行）》，探索符合基础研究规律的经费使用与管理机制“包干制+负面清单”试点。
14家符合条件的单位列为北京市自然科学基金项目经费“包干制+负面清单”试点单位。
卢剑是北京大学第三医院泌尿外科教授、主任医师，他的主要研究方向是前列腺癌的智能化精准诊疗技术，也是北京市自然科学基金项目“包干制+负面清单”试点第一批“受益人”。
卢剑表示，由于人体具有个体差异的特点，医学基础研究经常面临巨大的困难与挑战，需要不断及时调整研究技术路线和方案，“包干制+负面清单”就充分给予了这种调整的灵活性和及时性。“试点2年以来，经费支出灵活性大大提升，材料费、测试加工费等科研业务费合并为一项，可以根据研究需要购买亟需的科研仪器设备，缩短了采购周期。也不再区分直接和间接经费，充分调动了项目组的积极性。”
在“包干制+负面清单”的支持下，卢剑团队承担的北京市自然科学基金重点研究专题《AI辅助的前列腺癌多组学精准诊疗关键问题研究》也有了新进展，构建了多中心、大样本的国人前列腺癌多组学数据库，在前列腺癌影像检测新理论和人工智能辅助诊疗新技术方面取得较好成果。相关研究成果已在国内外顶级学术会议上进行了报告，后续将在开发具有自主知识产权的前列腺癌人工智能软件类医疗器械产品上持续发力。
北京交通大学计算机学院教授张淳杰是北京市自然科学基金杰青项目的负责人。在介绍“包干制+负面清单”试点对科研促进作用时，张淳杰表示，改革提高了项目实施的便利性，在执行过程中，可以针对具体情况自行调整，提高了经费的利用效率。同时赋予了项目组成员进行前沿自主探索的空间，有效激发了创新活力。
张淳杰举例说：“2021年时，团队原本预留了10万元的费用用于采购GPU配件，但是受供应需求影响，GPU价格突然大涨，费用翻了四五倍。按照传统的经费使用方式，GPU设备购置是相当困难的，但得益于‘包干制+负面清单’审批流程的简化，我们购买的设备得以及时到位，充分保证了科研进程的推进。”
在“包干制+负面清单”试点的推行下，张淳杰团队的科研开启了“加速度”，收集并开源了多个细粒度图像数据集；针对少样本识别问题提出了多种解决方法，获得了2022年欧洲计算机视觉会议上举办的FineAction Challenge on Temporal Action Localization比赛的第一名。
经过33年的发展，北京市自然科学基金年度经费规模由1990年的150万元提高到2023年的6.82亿元，资助项目数量也由100项提高到了近1700项。2013-2022年，北京市自然科学基金项目负责人及团队共获得151项国家科技奖、435项省部级科技奖一等奖；2022年以全市约1%的基础研究经费投入（5.8亿元）产出了全市约6.2%的高水平论文。近3年北京市科学技术奖的杰出青年中关村奖、自然科学奖获得者中，有30%以上获得过北京市自然科学基金项目资助。北京市自然科学基金已成为北京地区基础研究前沿方向的“指南针”，创新人才的“孵化器”，优秀项目的“储备库”，规范管理的“先行者”，是我国最具影响力的地方基金之一。
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