《报告》聚焦企业、高校和研究机构等微观创新主体，遵从科学性、完整性、综合性、可比性、导向性等原则，在分析前三届创新指数指标体系的基础上，进一步适度调整，增加了创新指数指标体系的评价维度，同时重点关注本年度在航空航天、科技冬奥、新冠肺炎疫情防控领域做出突出创新成果、在社会面产生重大积极影响的创新主体，分类别编制了企业科技创新指数、高校科技创新指数、研究机构科技创新指数3个指标体系。
指标体系基于3个一级指标，即“创新能力”、“创新价值”、“创新影响”进行构建，企业科技创新指数指标体系在3个一级指标下选用了9个二级指标和23个三级指标，高校科技创新指数指标体系在3个一级指标下选用了9个二级指标和27个三级指标，研究机构科技创新指数指标体系在3个一级指标下选用了9个二级指标和24个三级指标。指标体系中的各级指标构成综合创新指数评价的有机整体。通过科学评测和深入分析，遴选出全国科技创新企业500强，全国科技创新高校50强，全国科技创新研究机构50强。
《报告》显示，全国科技创新企业500强以华为、国家电网和京东方为代表，专利申请量和授权量逐年攀升，上榜企业专利总量为200万余件，占比全国企业专利总量的16%，PCT专利申请总量近9万件，占比全国企业PCT专利申请总量的41%，表明上榜企业的国际化视野和关键技术的国际化程度都遥遥领先于国内其他企业，对国内创新主体参与全球竞争起到一定带动作用。
从区域分布来看，500强企业中超过80%分布在我国东部经济发达省份，一线城市的带动作用明显。从省份分布来看，广东省123家，北京市109家，江苏省48家，位居前三。从行业分布来看，以新一代信息技术产业为代表的国家战略新兴产业已形成规模优势。从投资类型来看，国内投资企业占据主体地位，占比70%。从上市情况来看，共计317家上市公司上榜，占比达到63%。从新三板挂牌情况来看，500强企业中上榜的31家集团企业共涉及42家新三板挂牌企业，在企业500强中占比6%。
值得一提的是，500强企业中上榜的104家集团企业共涉及190家国家级专精特新“小巨人”企业，在企业500强中占比超过1/5，表明我国“专精特新”中小企业长期坚持创新，已取得初步成效。此外，企业500强上榜的78家集团企业共涉及92家制造业单项冠军示范企业，在企业500强中占比16%，表明我国制造业单项冠军示范企业聚焦目标市场，在特定领域拥有核心关键技术，具有一定的科技创新实力。
全国科技创新高校50强以清华大学、北京大学、浙江大学为代表，上榜高校的专利申请量和授权量逐年稳步增长，专利总量近70万件，占比全国高校专利总量的33%，PCT专利申请总量超1万件，占比全国高校PCT专利申请总量的59%，表明在科技创新国际化方面，上榜高校走在全国前列。从
区域分布来看，东部地区32家，占比64%，中部地区8家，占比16%，西部地区6家，占比12%，东北地区共4家，占比8%。从省份分布来看，北京市、江苏省、上海市、湖北省及四川省排名前五，拥有50强高校数量占比超62%。从行业分布来看，专用设备制造业(C35)专利数量最多，占比超过21%，其次是仪器仪表制造业(C40)、金属制品、机械和设备修理业(C43)以及通用设备制造业(C34)。
全国科技创新研究机构50强相比于企业和高校专利数量不多，上榜的研究机构专利数量共计11万余件，占比全国研究机构专利数量的15%，专利集中度不高，PCT专利申请量3000余件，占比全国研究机构PCT专利申请量的27%，具有一定优势，但整体差距不明显。
值得一提的是，今年首次将企业集团所属研究院所纳入研究机构进行统计，以中国电力科学研究院有限公司、中国空间技术研究院、中国运载火箭技术研究院为代表的一批企业集团所属研究院所入围榜单，并名列前茅。从区域分布来看，东部地区上榜37家，占比74%，创新实力较强。从省份分布来看，北京市研发机构数量优势突出，共计27家，占比54%。
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